Un billet de blog à partir de Janvier de l'année dernière a décrit un papier par Purdue et al. (2011) dans lequel une étude d'association pangénomique (GWAS) a identifié deux carcinome à cellules rénales (RCC) des loci de susceptibilité au sein HIF2 α (sur le chromosome 2) et un non caractérisé région intergénique (sur le chromosome 11). Une étude récente utilisant VHL cellules RCC-deficient a pris ce travail plus loin en montrant que cette région intergénique contient un certain nombre de HIF2α et HIF1β sites de liaison au sein d'un activateur jusque-là inconnue de la cycline D1 expression ( Schödel et al. 2012 ).
Utiliser immunoprécipitation de la chromatine (ChIP) avec séquençage à haut débit, Schödel et al. (2012) ont détecté des sites de liaison HIF2α et HIF1β sur le chromosome 11, dans la lignée cellulaire RCC 786-O VHL-défectueux (mais pas dans le pVHL positif MCF-7 lignée cellulaire de cancer du sein). Puce PCR quantitative (ChIP-qPCR) a confirmé cette liaison dans le tissu RCC humain, et des éléments de réponse hypoxie (HRE) ont également été identifiés dans cette région.
Ce locus de susceptibilité RCC intergenic n'a pas les caractéristiques d'un promoteur du gène. Par conséquent, un certain nombre d'expériences ont été menées pour voir si c'était un activateur transcriptionnel. Isolement formaldéhyde assistée d'éléments de régulation a montré que cette région avait réduit occupation nucléosome dans les cellules 786-O (mais pas dans les cellules MCF-7). De même, ChIP-qPCR démontré que ce lieu avait une variété de marques épigénétiques qui sont caractéristiques des amplificateurs actifs (et non les promoteurs) exclusivement dans les cellules 786-O. En outre, ChIP-qPCR dans ces cellules ont montré que ce lieu a de faibles niveaux d' ARN polymérase II , qui catalyse la transcription de l'ADN à des promoteurs. Enfin, l'expression d'un gène rapporteur a également été renforcée par ces séquences, et cet effet a été abrogée lorsque les HRE ont été mutés. Au total, ces résultats suggèrent que le chromosome 11 RCC locus de susceptibilité contient un activateur de la transcription HIF-dépendante.
D'autres expériences ont montré que la liaison de HIF et de l'accessibilité de l'ADN a été absent d'une variété de lignées cellulaires cancéreuses et non cancéreuses qui expriment type sauvage VHL, mais était présent dans toutes les lignées cellulaires déficientes en VHL testés. En outre, l'analyse de l'expression du génome des tumeurs rénales et les cellules 786-O a identifié le gène CCND1 (qui code pour la cycline D1) à proximité comme un gène HIF-réglementé sur le chromosome 11. Haute résolution hybridation in situ fluorescente et la conformation des chromosomes capturer démontré que l'amplificateur HIF-contraignant et le promoteur CCND1 physiquement associé dans les cellules 786-O (mais pas dans les cellules MCF-7). Ces résultats suggèrent que le chromosome 11 locus de susceptibilité est un type cellulaire spécifique activateur à long terme du gène de la cycline D1.
Les auteurs ont également vu que les différents polymorphismes dans cette région affectent l'accessibilité de l'ADN et la liaison de HIF2α, HIF1β et l'ARN polymérase II. En conséquence, ces variations de séquence pourrait conduire à l'expression différentielle de la cycline D1, qui offre un mécanisme potentiel pour les effets de susceptibilité observés dans cette région.
Compte tenu du lien entre HIF signalisation et le syndrome de BHD ( Preston et al. 2010 ), un GWAS pourraient découvrir loci de susceptibilité RCC similaires qui sont spécifiques aux cellules FLCN déficientes. En particulier, les liens potentiels entre FLCN, la voie HIF et le contrôle du cycle cellulaire pourraient nous aider à mieux comprendre les phénotypes tumorigènes observés dans le syndrome de BHD.
- Preston RS, Philp A, T Claessens, Gijezen L, Dydensborg AB, Dunlop EA, Harper KT, Brinkhuizen T, Menko FH, Davies DM, Terre SC, Pause A, Baar K, van Steensel MA, & Tee RA (2011). Absence du produit du gène Birt-Hogg-Dubé est associée à une augmentation hypoxia-inducible factor activité transcriptionnelle et une perte de flexibilité métabolique Oncogene, 30 (10), 1159-1173 PMID:. 21057536
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- Schödel J, Bardella C, Sciesielski LK, Brown JM, Pugh CW, Buckle V, Tomlinson IP, Ratcliffe PJ, et Mole DR (2012). Variants génétiques communs au 11q13.3 rénale susceptibilité au cancer locus influence liaison de HIF à un activateur de l'expression de la cycline D1 Nature Genetics, 44 (4), 420-5 PMID:. 22406644
