Unicellulaire séquençage d'exome d'un échantillon de ccRCC

Les progrès récents dans le séquençage de l'ADN ont conduit à la découverte de gènes et des mutations qui entraînent la tumorigenèse. Dans ce blog, nous avons décrit précédemment papiers par Varela et al . (2011), Dalgliesh et al . (2011) et Guo et al. (2011) qui tous séquençage de l'exome utilisé pour identifier les gènes impliqués dans le cancer du rein (décrits ici , ici et ici respectivement). Il est à espérer que par la compréhension de plus sur le génome du cancer, les thérapies ciblées efficaces peuvent être développés.

Une récente étude de Xu et al. (2012) a effectué une analyse de séquençage sur un échantillon de tumeur ccRCC rénale, cette fois en utilisant le séquençage de l'exome une seule cellule. séquençage de l'exome a été utilisé pour la première sur un échantillon de tissu ccRCC d'analyser le statut mutationnel de VHL et PBRM1 , les principaux moteurs de ccRCC tumorigenèse. Trois mutations bas de fréquence dans PBRM1 ont été identifiées, mais aucune mutation n'a été trouvé dans la maladie de VHL.

Le séquençage de l'exome mono-cellulaire a ensuite été effectuée sur 20 des cellules provenant de l'échantillon de tumeur et des 5 cellules non cancéreuses du tissu adjacent, qui ont été utilisés comme témoins. Au total, 260 mutations somatiques ont été identifiées dans les cellules cancéreuses, comparativement à 12 mutations somatiques dans les cellules témoins en bonne santé. Des mutations dans 94 gènes ont été identifiés.

Le motif de mutation pour chaque cellule individuelle a été comparée, et les résultats ont été trouvés être significativement différents les uns des autres. Les auteurs suggèrent donc que la tumeur ne contient pas de sous-populations de cellules. En outre, plus de 70% des mutations ont été classés comme spécifique des cellules, ce qui signifie qu'ils ne se sont produites dans une petite fraction des cellules. Ces deux résultats démontrent la grande complexité et l'hétérogénéité de l'échantillon de tumeur.

Les résultats de cette étude ont été comparés à l'étude récente de séquençage par Guo et al. (2011). Quatre des 94 gènes identifiés ici ont également été muté dans la cohorte des 98 patients étudiés par Guo et al. Un gène d'intérêt particulier est AHNAK , qui a été muté dans 5 des 99 patients des deux études. AHNAK active la protéine kinase C et elle est également impliquée dans le remodelage de la chromatine, un processus dans lequel les gènes associés semblent être fréquemment muté dans RCC. En outre, les méthodes de prédiction protéine-protéine utilisées dans cette étude suggèrent une interaction entre AHNAK et HIF1A .

En ce qui concerne le syndrome de BHD, aucune mutation FLCN ont été identifiées dans les cellules RCC étudiés ici. Toutefois, il serait intéressant de réaliser une étude similaire en utilisant des cellules d'une tumeur de BHD à identifier d'autres mutations qui pourraient contribuer à la tumorigenèse dans le syndrome de BHD. Les auteurs de cette étude suggèrent que ccRCC est génétiquement plus complexe qu'on ne le pensait. Peut-être en est de même pour les tumeurs BHD liés et qu'il existe d'autres, encore, des mutations non identifiés qui favorisent la tumorigenèse.

  • Xu X, Y Hou Yin X, L Bao, Tang A, Song L, Li F, S Tsang, Wu K, Wu H, He W, Zeng L, M Xing, Wu R, Jiang H, Liu X, Cao D , Guo G, Hu X, Y Gui, Li Z, Xie W, X Sun, Shi M, Cai Z, Wang B, Zhong M, Li J, Z Lu, Gu N, Zhang X, L Goodman, Bolund L, Wang J, Yang H, K Kristiansen, Dean M, Li Y, et Wang J (2012). Séquençage de l'exome seule cellule révèle les caractéristiques de la mutation d'un seul nucléotide d'une tumeur du rein cellulaires, 148 (5), 886-95 PMID:. 22385958
  • Varela I, Tarpey P, K Raine, Huang D, Ong CK, Stephens P, H Davies, Jones D, Lin ML, Teague J, G Bignell, Butler, Cho J, Dalgliesh GL, Galappaththige D, Greenman C, C Hardy , Jia M, C Latimer, Lau KW, Marshall J, S McLaren, Menzies A, Mudie L, L Stebbings, Largaespada DA, Wessels LF, Richard S, Kahnoski RJ, Anema J, Tuveson DA, Perez-Mancera PA, Mustonen V , Fischer A, Adams DJ, Rust A, Chan-sur W, Subimerb C, Dykema K, K Furgé, Campbell PJ, Teh BT, Stratton M., & Futreal PA (2011). séquençage de l'exome identifie mutation fréquente de la PBRM1 génétique complexe SWI / SNF dans le carcinome rénal Nature, 469 (7331), 539-42 PMID:. 21248752
  • Dalgliesh GL, Furgé K, Greenman C, Chen L, G Bignell, Butler, Davies H, Edkins S, Hardy C, C Latimer, Teague J, J Andrews, Barthorpe S, D Beare, Buck G, Campbell PJ, Forbes S , Jia M, Jones D, H Knott, Kok CY, Lau KW, Leroy C, Lin ML, McBride DJ, Maddison M, S Maguire, McLay K, Menzies A, Mironenko T, Mulderrig L, L Mudie, O'Meara S , Pleasance E, Rajasingham A, Berger R, R Smith, Stebbings L, P Stephens, Tang G, Tarpey PS, Turrell K, Dykema KJ, Khoo SK, Petillo D, Wondergem B, Anema J, Kahnoski RJ, Teh BT, Stratton M., & Futreal PA (2010). Le séquençage systématique du carcinome rénal révèle l'inactivation des gènes d'histones modifier Nature, 463 (7279), 360-3 PMID:. 20054297
  • Guo G, Gui Y, Gao S, Tang A, Hu X, Huang Y, W Jia, Li Z, Il M, L Sun, Song P, Sun X, Zhao X, Yang S, Liang C, Wan S, Zhou F , Chen C, Zhu J, Li X, Jian M, Zhou L, R Ye, Huang P, Chen J, Jiang T, Liu X, Wang Y, Zou J, Jiang Z, Wu R, Wu S, F Fan, Zhang Z, Liu L, R Yang, Liu X, Wu H, Yin W, Zhao X, Liu Y, H Peng, Jiang B, Q Feng, Li C, Xie J, Lu J, K Kristiansen, Li Y, Zhang X, Li S, Wang J, Yang H, Cai Z, et Wang J (2011). Fréquentes mutations de gènes codant protéolyse composants de la voie de l'ubiquitine dans le carcinome à cellules claires des cellules rénales génétiques de la nature, 44 (1), 17-9 PMID:. 22138691
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