Les récents progrès dans le séquençage d'ADN ont conduit à la découverte des gènes et des mutations qui entraînent la tumorigenèse. Dans ce blog, nous avons décrit précédemment papiers par Varela et al . (2011), Dalgliesh et al . (2011) et Guo et al. (2011) qui tous exome utilisé séquençage pour identifier les gènes impliqués dans le cancer du rein (décrite ici , ici et ici respectivement). Il est à espérer que par la compréhension de plus sur le génome du cancer, les thérapies ciblées efficaces peuvent être développées.
Une récente étude de Xu et al. (2012) ont réalisé le séquençage des analyses sur un échantillon de tumeur du rein ccRCC, cette fois en utilisant le séquençage exome seule cellule. Exome séquençage a été effectué sur un échantillon de tissu ccRCC d'analyser le statut mutationnel de VHL et PBRM1 , les principaux moteurs de la tumorigenèse ccRCC. Trois mutations basse fréquence dans PBRM1 ont été identifiés, mais aucune mutation n'a été trouvé dans la maladie de VHL.
Séquençage de l'exome seule cellule a ensuite été réalisée sur 20 cellules de l'échantillon de la tumeur et 5 cellules provenant de tissus adjacents non cancéreuses, qui ont été utilisés comme témoins. En tout, 260 mutations somatiques ont été identifiées dans les cellules cancéreuses, par rapport à 12 mutations somatiques dans les cellules témoins sains. Des mutations dans les gènes 94 ont été identifiés.
Le motif de mutation pour chaque cellule individuelle a été comparé et les résultats se sont avérés significativement différents les uns des autres. Les auteurs suggèrent donc que la tumeur ne contient pas de sous-populations de cellules. En outre, plus de 70% des mutations ont été classés comme spécifique de la cellule, ce qui signifie qu'ils n'ont eu lieu que dans une petite fraction des cellules. Ces deux résultats démontrent la grande complexité et de l'hétérogénéité de l'échantillon de la tumeur.
Les résultats de cette étude ont été comparés à l'étude de séquençage récent par Guo et al. (2011). Quatre des 94 gènes identifiés ici ont également été muté dans la cohorte des 98 patients étudiés par Guo et al. Un gène d'intérêt particulier est AHNAK qui a été muté dans 5 des 99 patients des deux études. AHNAK active la protéine kinase C et il est également impliqué dans remodelage de la chromatine, un processus dans lequel les gènes associés semblent être fréquemment muté dans RCC. En outre, les méthodes de prédiction protéine-protéine utilisées dans cette étude suggèrent une interaction entre AHNAK et HIF1A .
En ce qui concerne le syndrome de BHD, aucune mutation de FLCN ont été identifiées dans les cellules RCC étudiés ici. Toutefois, il serait intéressant de réaliser une étude similaire en utilisant des cellules d'une tumeur BHD pour identifier d'autres mutations qui pourraient contribuer à la tumorigenèse dans le syndrome de BHD. Les auteurs de cette étude suggèrent que ccRCC est génétiquement plus complexe qu'on ne le pensait précédemment. Peut-être la même chose est vraie pour les tumeurs BHD liés et qu'il existe d'autres, pour l'instant, les mutations non identifiés qui favorisent la tumorigenèse.
- Xu X, Y Hou, Yin X, Bao L, A Tang, Song L, Li F, S Tsang, Wu K, Wu H, He W, Zeng L, M Xing, Wu R, H Jiang, Liu X, Cao D , Guo G, Hu X, Y Gui, Li Z, Xie W, X Sun, Shi M, Z Cai, Wang B, Zhong M, Li J, Z Lu, Gu N, Zhang X, L Goodman, Bolund L, Wang J, Yang H, K Kristiansen, Dean M, Li Y, J & Wang (2012). Séquençage de l'exome unicellulaire révèle caractéristiques de la mutation de nucléotides simples d'une tumeur du rein Cell, 148 (5), 886-95 PMID:. 22385958
- Varela I, Tarpey P, K Raine, Huang D, Ong CK, Stephens P, H Davies, Jones D, Lin ML, Teague J, G Bignell, Butler A, Cho J, Dalgliesh GL, Galappaththige D, Greenman C, C Hardy , Jia M, C Latimer, Lau KW, Marshall J, S McLaren, le Menzies A, Mudie L, L Stebbings, Largaespada DA, Wessels LF, Richard S, Kahnoski RJ, Anema J, Tuveson DA, Perez-Mancera PA, Mustonen V , Fischer A, Adams DJ, Rust A, Chan-sur W, Subimerb C, Dykema K, K Furge, Campbell PJ, Teh BT, Stratton MR, et Futreal PA (2011). Exome séquençage identifie mutation fréquente du complexe SWI / SNF gène PBRM1 dans le carcinome rénal Nature, 469 (7331), 539-42 PMID:. 21248752
- Dalgliesh GL, Furge K, Greenman C, Chen L, G Bignell, Butler A, H Davies, Edkins S, Hardy C, C Latimer, Teague J, J Andrews, Barthorpe S, D Beare, Buck G, Campbell PJ, Forbes S , Jia M, Jones D, H Knott, Kok CY, Lau KW, Leroy C, Lin ML, McBride DJ, Maddison M, S Maguire, McLay K, Menzies A, Mironenko T, Mulderrig L, L Mudie, O'Meara S , Pleasance E, Rajasingham A, Shepherd R, R Smith, Stebbings L, P Stephens, Tang G, Tarpey PS, Turrell K, Dykema KJ, Khoo SK, Petillo D, Wondergem B, Anema J, Kahnoski RJ, Teh BT, Stratton MR, et Futreal PA (2010). Le séquençage systématique du carcinome rénal révèle inactivation de gènes modificateurs histones Nature, 463 (7279), 360-3 PMID:. 20054297
- Guo G, Gui Y, Gao S, Tang A, Hu X, Huang Y, W Jia, Li Z, Il M, L Sun, Song P, Sun X, X Zhao, Yang S, Liang C, Wan S, Zhou F , Chen C, Zhu J, Li X, Jian M, Zhou L, R Ye, Huang P, Chen J, Jiang T, Liu X, Wang Y, Zou J, Z Jiang, Wu R, Wu S, F Fan, Zhang Z, Liu L, R Yang, Liu X, Wu H, Yin W, X Zhao, Liu Y, Peng H, Jiang B, Q Feng, Li C, Xie J, Lu J, K Kristiansen, Li Y, Zhang X, Li S, Wang J, Yang H, Cai Z, J & Wang (2011). Fréquentes mutations de gènes codant pour des composants de la voie de protéolyse ubiquitine dans le carcinome rénal à cellules claires Nature Genetics, 44 (1), 17-9 PMID:. 22138691
